เรื่องราวของซากุระภาคใหม่นี้จะเล่าเรื่องราว 10 ปีให้หลังจากเหตุการณ์ใน Sakura Taisen V .ในปี 1940 ญี่ปุ่นหลังหายนะส่งผลให้เกิดการสูญเสียอันยิ่งใหญ่ของกองกำลังป้องกันจักรวรรดิโตเกียวซึ่งเป็นกองกำลังป้องกันระดับโลก มีศูนย์กลางคือโรงละครอิมพีเรียล ซึ่งหน้าฉากคือโรงละครที่กำลังจะปิดตัวเนื่องจากภาวะทางการเงิน ผู้เล่นจะรับบทเป็น “คามิยาม่า เซย์จูโร่” ชายหนุ่มรูปหล่อวัย 20 เพียงหนึ่งเดียว ในฐานะกัปตันทีมคนใหม่ Shin Sakura Taisen จะต้องพาเหล่าสาวๆให้รอดพ้นวิกฤติไปได้ ด้วยการเน้นที่เรื่องราวการสร้างความสัมพันธ์ตัวละคร อีเว้นท์พิเศษ และการต่อสู้กับเหล่าร้ายด้วยหุ่นรบโคบุที่มีดีไซน์เฉพาะ และในตอนนั้นเอง กองกำลังป้องกันระดับโลก จากสาขาต่างๆที่เพิ่งฟื้นตัวจากสงครามโคบุครั้งก่อน ก็ได้ตกลงกันว่าจะจัดงานแข่งขัน “Great Combat Revue World War” ขึ้น…