โรงเรียน x เหนือธรรมชาติ x ปริศนา เรื่องราวนี้เกิดขึ้นก่อนที่นักปราบผี Kyougokudou จะเปิดร้านหนังสือมือสอง… ฉากของเราอยู่ในโตเกียวในปี 1948 หลังสงครามไม่นาน คันนะ คุซาคาเบะเพิ่งขึ้นชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 2 เมื่อเธอได้พบกับครูสอนภาษาคนใหม่ อากิฮิโกะ ชูเซ็นจิ เรื่องลึกลับเหนือธรรมชาติเกิดขึ้นอยู่รอบๆ คันนะ ในวันนี้ คันนะจะเปิดประตูห้องเตรียมหนังสืออีกครั้งเพื่อขอความช่วยเหลือจากอาจารย์ชูเซ็นจิผู้บูดบึ้งซึ่งรออยู่ข้างใน ปริศนาเหนือธรรมชาติในโรงเรียนมัธยมปลายที่มีคู่หูที่ไม่น่าจะเป็นไปได้ระหว่างครูกับเด็กสาวมัธยมปลายกำลังจะเริ่มต้นขึ้น!